就在行刑前，卡勒姆·林奇恢复了理智，发现自己被索菲亚选中参加一个可以将人类从暴力冲动中解放出来的项目。虚拟现实机器Animus可以让用户体验祖先的记忆。卡勒姆·林奇被绑在机器上后，意识到自己是生活在西班牙宗教裁判所时期的刺客阿吉拉的后代，他们要寻找的是能够控制自由意志的伊甸苹果。在父亲艾伦的压力下，索菲娅不情愿地操纵卡勒姆·林奇回到过去，在现代世界寻找伊甸苹果的下落，威胁着他的身心健康。但在他的刺客同伴穆萨向卡勒姆·林奇暗示，艾伦可能有不纯洁的动机后，卡勒姆·林奇开始重新考虑自己的行为和动机，人类自由意志的命运变得不确定……